果汁廢水在處理過程中會產生污泥、廢油、廢酸、廢堿、加工過程中產生的動植物廢棄物也應該進行無害化處理。食品工業果汁果汁廢水處理中所用的化學處理工藝主要是混凝法。目前使用的混凝劑主要有聚合氯化鋁，聚合氯化鋁鐵，聚氯化鋁。絮凝劑主要是陰離子聚丙烯酰胺。混凝法不能單獨使用，須與物理處理工藝的沉淀、澄清法或氣浮法結合使用，構成混凝沉淀或混凝氣浮，混凝沉淀可作為生物處理的預處理，也可作為生物處理后的深度處理。
混凝沉淀法是水處理的一個重要方法。對于一些膠體顆粒較小、或是一些膠體溶液，難以或不能發生沉降的果汁廢水加入化學混凝劑，使其形成易于沉降的大顆粒而去除。果汁果汁廢水中呈膠體狀態的蛋白質和多糖類物質，經加藥混凝沉淀即有較好的去除效果。
常用的藥劑有：石灰、硫酸亞鐵、三氯化鐵和硫酸鋁等。石灰一般不單獨使用，常與其他藥劑配合使用，投藥量和pH值宜通過試驗確定。
在食品工果汁廢水處理中，生物處理工藝可分為好氧工藝、厭氧工藝、穩定塘、土地處理以及由上述工藝的結合而形成的各種各樣的組合工藝。果汁果汁廢水是有機果汁果汁廢水，生物法是主要的二級處理工藝，目的在于降解COD、BOD5。
好氧生物處理工藝根據所利用的微生物的生長形式分為活性污泥工藝和膜法工藝。前者包括傳統活性污泥法、階段曝氣法、生物吸附法、混合法、延時曝氣法、氧化溝、間歇活性污泥法(SBR)等。后者包括生物濾池、塔式生物濾池、生物轉盤、活性生物濾池、生物接觸氧化法、好氧流化床等。一般好氧處理對低濃度果汁廢水效果較好。
厭氧生物處理工藝適用于食品加工果汁廢水處理，主要原因是果汁廢水中含易生物降解的高濃度有機物，且無毒性。此外，厭氧處理動力消耗低，產生的沼氣可作為能源，生成的剩余污泥量少，厭氧處理系統全部密閉，利于改善環境衛生，可以季節性或間歇性運轉，污泥可長期儲存。
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